Laboratório Virtual

Ferramentas abertas para infraestrutura, bioinformática e computação de dados.

github.com/LepistaBioinformatics
Lepista Bioinformatics Lab
Transversais

Projetos transversais

Aplicações completas compostas por vários projetos do lab trabalhando juntos. Cada blueprint mostra as partes e como elas se conectam, coloridas pelo grupo a que cada uma pertence.

Infraestrutura

Mycelium

API Gateway seguro, flexível e multi-tenant. Converte serviços downstream em LLM tools via MCP Server embutido com poucas linhas de configuração. Integração nativa com OAuth2 e callbacks de resposta em tempo real.

Em uso em ambientes reais de produção

Mycelium API Gateway

API gateway multi-tenant com integração nativa OAuth2. Expõe automaticamente serviços downstream como tools para agentes de IA via MCP Server embutido.

Em produçãoMantido ativamente

Mycelium WebApp

Dashboard visual para gerenciar seu gateway Mycelium — monitore tráfego, configure regras de proteção e gerencie equipes em uma única interface.

Em produçãoMantido ativamente

Mycelium SDKs

SDKs oficiais para decodificar e aplicar o contexto de identidade do gateway (x-mycelium-profile) nos seus serviços — disponíveis para Python, Node.js/TypeScript e Go.

Biblioteca estávelMantido ativamente
SaaS

LepOps

APIs determinísticas como alternativa a LLMs para tarefas de dados estruturados. Projetado para ser significativamente mais eficiente em custo e energia que processamento baseado em tokens para operações como análise estatística, geração de gráficos e transformação de dados.

Em produçãoMantido ativamente

Saídas determinísticas

Obtenha resultados confiáveis e reproduzíveis toda vez — sem alucinações, sem variabilidade.

Operações estatísticas

Suporte nativo a computações estatísticas complexas sem queimar tokens.

Geração de gráficos

Gere gráficos e dashboards leves diretamente nos seus pipelines de dados.

Processamento de grandes dados

Processe grandes volumes de dados de forma confiável sem inflar a janela de contexto.

Bioinformática

Ferramentas de Bioinformática

Ferramentas open-source para análise de sequências, filogenética e taxonomia — do controle de qualidade industrial à pesquisa ativa. Feitas por cientistas, para cientistas.

blutils

Wrapper BLAST de alta performance com cálculo de identidade de consenso. Usado em workflows de controle de qualidade industrial.

Em produçãoPesquisa ativaMantido ativamente

blutils-ui

Explorer visual para resultados do blutils. Navegue saídas BLAST com uma interface interativa.

Pesquisa ativaBest-effort

classeq2

Placer filogenético alignment-free baseado em composição de k-mers. Posiciona sequências em árvores de referência sem alinhamento múltiplo.

Pesquisa ativaBest-effort

gene-connector-cli

CLI para workflows de análise de genes. Simplifique seu pipeline com uma interface de linha de comando unificada.

Pesquisa ativaBest-effort
Knowledge & AI

Knowledge & AI

Ferramentas independentes para construir conhecimento e orquestrar IA — de knowledge graphs a partir de texto bruto a um command center para times multi-agente.

noosphere-kg

Constrói knowledge graphs a partir de texto não estruturado usando LLMs e o LangChain LLM Graph Transformer, com extração baseada em tools para resultados consistentes.

Pesquisa ativaBest-effort

agents-room

Command center visual para times multi-agente no Claude Code — crie agentes, skills e comandos e veja como se conectam, tudo em um app desktop offline.

Contribuições abertasBest-effort

harness-sphere

Watcher OpenTelemetry em binário único para o stack de agentes de IA — unifica telemetria de host, container, gateway e do harness de IA em sinais OpenTelemetry padrão.

Pesquisa ativaBest-effort
Sobre

Sobre o Lab

O Lepista Bioinformatics Lab é um laboratório virtual que publica ferramentas para bioinformática e desenvolvimento de software — a maioria delas open-source. Acreditamos que bom software e boa ciência são inseparáveis.

Nosso nome vem do Lepista nuda — um cogumelo violeta que cresce em anéis de fadas sem centro, sustentado por uma rede invisível de micélio sob a superfície. Como o micélio, nossas ferramentas crescem conectadas, compartilhando o mesmo substrato de arquitetura de qualidade e conhecimento aberto.

Lepista Bioinformatics Lab

Aberto por padrão

Nossas ferramentas de infraestrutura e pesquisa são open-source. A ciência cresce quando o conhecimento é compartilhado livremente.

Arquitetura primeiro

Arquitetura limpa, design performance-first e documentação clara em cada projeto.

Do laboratório à produção

Nossas ferramentas fazem a ponte entre protótipos de pesquisa e software de produção.

Comunidade sem centro

Como o micélio, que cresce em sua borda viva a cada novo contribuidor, nossa comunidade não tem centro nem hierarquia — apenas propósito compartilhado.

O Nome

A História Por Trás do Nome

De onde vem o nome, o que ele representa e por que um gênero de cogumelos se tornou o símbolo de um laboratório de bioinformática open source.

Uma Rede Abaixo da Superfície

O que você vê acima do solo — aqueles chapéus largos e violetas, densos de lamelas da cor do lilás desbotado — é apenas o corpo reprodutivo: o cogumelo que o fungo projeta para fora do solo para liberar esporos. O anúncio. Abaixo da superfície está o organismo verdadeiro: uma vasta trama de micélio entrelaçada no solo, absorvendo nutrientes, decompondo matéria orgânica, construindo conexões invisíveis. O cogumelo é efêmero. A rede é permanente. A bioinformática funciona da mesma forma. As ferramentas que publicamos são os cogumelos — visíveis, tangíveis, compartilháveis. Mas por baixo deles está o trabalho real: meses de leitura, pensamento, falha e reconstrução. O micélio invisível de compreensão que torna possível a ferramenta visível.

O Micélio Não Tem Centro

O Lepista nuda cresce em anéis de fada — círculos, muitas vezes arcos, que se expandem para fora ano após ano, à medida que o micélio avança pela borda. Ele irradia a partir do ponto de origem, mas a porção mais antiga, no interior, morre à medida que os nutrientes do solo se esgotam. Só a frente de crescimento, na periferia, permanece viva. Um anel de fada não tem sede nem cogumelo-rainha: nenhum ponto da borda comanda os demais, e toda a frente avança junta. O anel se expande por causa de sua periferia, não apesar dela. É essa a comunidade que queremos construir: um anel sem centro que continua se expandindo, movido por contribuidores em sua borda.

Um Cálice para o Conhecimento

O nome do gênero Lepista vem do latim: um vaso de vinho largo e raso — um cálice usado para guardar e servir algo precioso à mesa. O chapéu maduro do Lepista nuda assume exatamente essa forma: largo, levemente côncavo, moldado pelo tempo em algo que acolhe e retém. O nosso laboratório é esse cálice. Guardamos conhecimento na forma de ferramentas abertas e as publicamos livremente, convidando outros a beber da mesma fonte. O nome nuda — latim para nu, despido — fala sobre a superfície lisa e sem adornos da espécie. Open source no sentido mais literal da palavra.

A Persistência do Violeta

O Lepista nuda é um dos últimos fungos a frutificar na temporada. Não emerge no calor exuberante do verão, quando as condições são fáceis e a competição é feroz. Ele espera pela primeira geada. Aparece quando todo o resto desistiu. Esse é o espírito que carregamos: a disposição de avançar em problemas difíceis, de construir ferramentas para perguntas que ainda não têm respostas fáceis, e de persistir no trabalho mesmo quando a estação parece errada. O violeta do Lepista não é a cor do conforto. É a cor do que permanece quando tudo o que é mais frágil já recuou.

Todo grande projeto merece um lembrete de que o trabalho mais importante é a rede que ninguém consegue ver.
Contato

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